有研究報道認為，MSC對NK細胞的增殖活性、細胞毒性和分泌細胞因子的功能也有定影響，這些調節作用與NK細胞降低表達NKP30、NKP44NKC2D等活化受體有關，MSC分泌的PGE2和2,3-雙加氧酶(IDO)也有重要作用。 UCMSC能促進去除了T細胞的臍血中的NK祖細胞的增殖，西安新生兒細胞公司且增殖后的細胞保持了NK細胞的細胞毒性。 UCMSC可抑制Ⅱ-2激活的NK細胞的增殖。

MSC對抗原呈遞細胞(DC)的作用主要是抑制DC細胞的表面分子CD83、HLA-DR、CDla和共刺激分子CD40、CD86的表達而影響其成熟，同時還能使IL-12的表達量下降。MSC能抑制Ⅱ4介導的CD14分化為成熟的DC細胞，但這種抑制作用是可逆轉的。在體外培養條件下，MSC不僅能抑制DC細胞的成熟和抗原提呈功能，而且能抑制DC細胞的遷移能力。西安新生兒細胞公司在MSC治療GVHD的體內實驗也證實，MSC能通過改變T細胞和DC細胞的遷移能力，抑制DC細胞的成熟，減低T細胞增殖，減少CT細胞的形成等多種機制發揮免疫調節作用而起到治療作用。

MSC對B細胞的作用及機制相對復雜，MSC到底是刺激還是抑制脾臟來源的B細胞增殖和分泌LgG，取決于PWM、SPA、LPS等抗原的刺激作用強度。MsC與脾臟來源的單個核細胞或純化的B細胞共培養并不能刺激B細胞增殖和分泌1gG。西安新生兒細胞公司在MSC與B細胞的Braswell共培養研究發現，MSC對LPS刺激的增殖起抑制作用，這種作用主要是抑制B細胞成熟性蛋白1的表達而抑制B細胞向終端分化，在培養體系中的IgM+細胞比例增高，但上清中的1gM含量減少，這可能與MSC使B細胞停滯于cOG1期有關。