依據干細胞的來源，還可以將干細胞分為胚胎干細胞和成體干細胞兩類，但隨著干細胞來源的不斷擴大，其分類也應不斷補充完善。從現有資料來看，按照干細胞的來源，筆者將干細胞分為以下類型：

胚胎千細胞，包括受精及其發育到桑葚胚階段的早期胚胎中能夠發育成完整個體的原始全能干細胞和從囊胚內細胞團中分離獲得的能夠分化為所有組織類型的全能干細胞西安胎盤干細胞。

原始生殖干細胞( primordial germ cell，PGC)，人原始生殖細胞( primordial germ cell，PGC)由格哈特( Gearhart)等于1998年首次從妊娠5~9周的流產胚胎生殖脊中分離獲得。PCC起源于性腺之外，PGC來源于外胚層，各類動物早期胚胎內開始出現成群原始生殖細胞的部位不同，多數脊椎動物原腸胚期的原始生殖細胞分布于腸道、卵黃囊或尿囊基部的內胚層細胞間。在發育中借變形運動或進入血液而沿腸壁遷移，或進入背腸系膜，達到正在發育的生殖脊處，并和生殖脊的中胚層細胞共同組成睪丸或卵巢。原始生殖細胞未進入生殖脊前，既可分化為精原細胞，又可分化為卵原細胞，這種分化是由其和不同的生殖脊細胞的結合所決定的。在胚胎和個體發育過程中，PGC在性腺內經增殖、凋亡、分化系列復雜的變化形成成熟的精子和卵細胞。經不斷分裂發育和分化演變成精子和雌性卵細胞。原始生殖細胞比其周圍的其他細胞大，細胞內堿性磷酸酶、酯酶及糖原都呈陽性，易和其他細胞區分。亦稱為原始細胞，屬于多細胞動物生殖細胞系列的初級階段，是在生殖腺內定位以前的生殖細胞。其后代細胞在生殖腺內成為卵母細胞或精母細胞。人和哺乳動物的PGC細胞高表達堿性磷酸酶和Oc4，特異表達基因還有 Fragilis和stea，可通過堿性磷酸酶染色進行鑒定，也可通過免疫組織化學、電鏡和多種基因標記鑒定。人胚胎生殖細胞(EGC)高表達堿性磷酸酶、SSEA-1，并且表達SSEA-4、TRA-1-60和TRA-1-81PCC在體內主要發育分化為雄性精子細胞或雌性卵子細胞，是人和動物繁衍后代的種子細胞。西安胎盤干細胞體外分離培養獲得的PGC可用于胚胎發育規律及調控機制研究的模型。PGC也是多能干細胞的新來源，與ESC一樣，可廣泛用于細胞生長分化、組織再生、構建組織器官、新藥篩選與評價等，將在損傷修復、衰老退變性疾病治療研究中發揮重要作用。